考勤系統的核心工作，是把「員工實際打卡時間」與「公司預期的上班時間」比對，再按規則產生遲到、早退、加班或補鐘等結果。因此，設定工作應由建立更表開始，而不是先處理例外情況。
每個員工或每個部門都應先獲分配一組更表，例如星期一至五 09:00 至 18:00。更表列明上班時間、下班時間、休息時間與工作天，系統按此判斷打卡是否準時。
不少公司設有彈性上班時間（Flexitime），例如容許 08:30 至 09:30 之間打卡。系統應以「核心工作時段」判斷遲到，而非以單一時間點一刀切，否則彈性安排形同虛設。
法定假日、年假、病假、事假與補假，應在「假期」模組內處理，而不是更改員工的更表。把假期當作更表改動，會令統計報表無法分辨「放假」與「不上班」。
設定順序宜由「公司整體」開始，再逐層細化：先定公司的一般辦公時間，再為輪班部門建立班次，最後為個別員工指派更表。這樣做的好處是日後改動公司政策時，只需改一處，不需逐個員工更新。
不同行業的更表形態差異很大，以下按常見類型說明設定重點。
| 更表類型 | 特點 | 設定重點 |
|---|---|---|
| 固定班（Fixed Shift） | 每星期上班時間相同 | 設定工作天與上下班時間，處理星期一至五以外的上班 |
| 輪班（Rotating Shift） | 早班、中班、夜班輪流 | 建立多個班次，以週期或日曆設定輪換次序 |
| 跨夜班（Night Shift） | 下班時間在翌日凌晨 | 定義班次的歸屬日期，避免凌晨打卡被計入錯誤一日 |
| 自由上班（Flexitime） | 上下班有彈性窗口 | 設定核心時段與每月總工時上限 |
跨夜班是最容易出錯的一類。夜班員工晚上 23:00 上班、翌日 07:00 下班，若系統把凌晨的打卡歸入錯誤的日期，遲到與加班統計便會全部錯位。設定時應指定「班次歸屬日」（Shift Date），一般以班次的開始日期為準。
輪班方面，部分系統支援以週期自動生成更表，例如「早夜休休」四日一循環；亦有系統要求以日曆逐日指派。選用前應確認系統支援的輪換方式是否配合公司的實際排班習慣。
加班計算看似簡單，其實有多個基準需要事先定義，否則同一張卡鐘紀錄可得出完全不同結果。
系統設定的規則，應與公司書面的加班政策一致。最穩妥的做法是先把政策寫成文字，再按文字逐項對應系統設定，並以過去一期的真實數據作試算，比較人手結算與系統結果是否一致。
不少公司以補鐘（Time Off in Lieu，TOIL）代替現金補償加班，考勤系統需要支援這類「以工時換取休息」的結算方式。
補鐘的運作邏輯，是把員工的加班時數存入「補鐘戶口」，日後請假時從戶口扣除。設定上要留意幾點：補鐘是否設有效期限、可否跨年使用、離職時未使用的補鐘如何處理，以及每段時間可動用的補鐘上限。這些細節若在系統中沒有對應欄位，公司仍需以人工方式另行管理，系統只能作為紀錄輔助。
調休則常見於假期前後的長週末安排：公司規定某星期六上班，改在平日補假一日。這類安排涉及「當日上班是否屬加班」的判斷，設定時應以特別更表處理，把該星期六標記為「調休上班」，並於平日設定為休息日，確保系統不會把補假日誤判為曠工。
香港方面，僱主與僱員可自行協定工作時數與超時補償方式，法律沒有強制規定加班必須以某種倍數計算，一切以僱傭合約為準。系統的加班倍率設定（例如 1.5 倍），應與合約條文完全一致，並保留設定紀錄以便日後核對。
在香港設定考勤規則，除了技術設定，還須留意法例與實際執行的配合。
實際執行上，香港不少公司以「上午九時前打卡」作為遲到標準，但卡鐘與電腦時間偏差數分鐘即會引起爭議。安裝時應統一校準所有考勤終端的時間來源（例如網絡時間同步），並在員工手冊列明打卡方式與補卡程序，例如忘記打卡應於何時向何人申報。
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